วิหารพระมงคลบพิตร ถ้าตามพระราพงศาวดารฯบริเวณที่ตั้งวิหารนี้เคยเป็นวัดในแผ่นดินสมเด็จพระเจ้าทรงธรรมเพราะระบุว่าโปรดอัญเชิญพระพุทธรูปขนาดใหญ่นามว่า “มงคลบพิตร” มาจากพื้นที่ทางตะวันออกต่อจากนั้นก็ทรงก่อมณฑปครอบ

ครั้นถึงรัชกาลสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ โปรดเกล้าให้มีการบูรณะปฏิสังขรณ์ พระมงคลบพิตรขึ้นอีกครั้งหนึ่ง โดยโปรดให้ทำบัวหงายคั่นระหว่างพระเกตุมาลากับพระรัศมี ส่วนพระวิหารนั้นก็โปรดให้รื้อเครื่องบนออก แล้วก่อหลังคาให้เหมือนดังพระวิหารทั่วไป

รัชกาลพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๕จึงได้มีการบูรณปฏิสังขรณ์ขึ้น 
เมื่อครั้งพระยาโบราณราชธานินทร์ ดำรงตำแหน่งสมุหเทศาภิบาลมณฑลกรุงเก่าครั้งนั้นได้มีการซ่อมพระเมาลีและพระกรข้างขวา ด้วยปูนปั้น ส่วนพระวิหารที่อยู่ในสภาพชำรุดทรุดโทรม ก็ได้มีการบูรณะขึ้นใหม่ด้วยเช่นกันใน พ.ศ. ๒๔๗๔ คุณหญิงอมเรศศรีสมบัติ มีศรัทธาที่จะปฏิสังขรณ์ฐานพระมงคลบพิตรขึ้นใหม่ครั้นนั้นจำเป็นต้องลบรอยปูนปั้นของเดิมออกจนหมด ครั้นถึง พ.ศ. ๒๔๙๙ จอมพลแปลก พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรี ได้สั่งให้มีการ บูรณปฏิสังขรณ์พระมงคลบพิตร และพระวิหารขึ้นใหม่อีกครั้งหนึ่ง โดยเฉพาะองค์พระมงคลบพิตรนั้นได้ทาสีดำตลอดทั้งองค์พ.ศ. ๒๕๓๓ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปริณายกเสด็จมาเป็นองค์ประธานเททองหล่อพระพุทธรูปพระมงคลบพิตรจำลองได้ประทานพระราชดำริว่าควรปิดทององค์พระมงคลบพิตรทั้งองค์ ทำให้องค์พระพุทธรูปมีพุทธลักษณะที่งดงาม น่าเลื่อมใสศรัทธายิ่งขึ้น

-พระมงคลบพิตรนับว่าเป็นพระพุทธรูปเก่าแก่ที่มีลักษณะงดงามเป็นพระพุทธรูปคู่บ้านคู่เมือง ของกรุงศรีอยุธยาและเป็นที่เคารพสักการะมานานนับหลายร้อยๆปี

จุดน่าสนใจพระมงคลบพิตร เป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย ครองจีวรห่มเฉียง เปิดพระอังสาขวา มีสังฆาฏิพาดเหนือพระอังสาซ้าย ชายยาวลงมาจรดพระนาภี ภายในองค์ก่ออิฐเป็นแกนแล้วบุด้วยทองสัมฤทธิ์ มีขนาดหน้าตักกว้าง 9.55 เมตร ส่วนสูงเฉพาะองค์พระไม่รวมฐานบัว 12.45 เมตร ส่วนฐานบัวสูง 4.50 เมตร พระเศียรวัดโดยรอบตรงบริเวณเหนือพระกรรณ 7.25 เมตร พระพักตร์กว้าง 2.32 เมตร บัวหงายระหว่างพระรัศมีกับพระเกศาเมาลีสูง 43 เซ็นติเมตร พระรัศมีเหนือบัวหงายสูง 1.30 เมตร พระกรรณยาวข้างละ 1.81 เมตร พระเนตรยาวข้างละ 1.05 เมตร พระนาสิกยาว 1.20 เมตร พระโอษฐ์ยาว 1.16 เมตรและเป็นพระพุทธรูปหล่อขนาดใหญ่องค์เดียวในประเทศไทย สันนิษฐานกันว่า สร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนต้นราวแผ่นดินสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ

พระมงคลบพิตร ประดิษฐานอยู่วัดมหาธาตุ  จังหวัดพระนครศรีอยุธยา  เป็นพระพุทธรูปศักดิ์สิทธิ์  เชื่อกันว่าสามารถดลบันดาลให้ผู้มาบนบานประสบความสำเร็จตามใจปรารถนา เรื่องนี้เป็นที่กล่าวขาน บอกต่อและสืบทอดกันมาตั้งแต่สมัยโบราณจนกระทั่งปัจจุบัน 

และในทุกวันนี้  ผู้คนทั้งชาวไทยและชาวต่างประเทศยังหลั่งไหลไปกราบไหว้พระมงคลบพิตรอย่างเนืองแน่น  โดยเฉพาะในวันเทศกาลสำคัญจะมีพุทธศาสนิกชนมาจากทั่วสารทิศ  เพื่อกราบไหว้ บูชา และขอพรจากหลวงพ่อ พระมงคลบพิตร อย่างต่อเนื่องทุกวัน