เมื่อ ปี พ.ศ.2500 พระครูอมรคณาจารย์ (เส็ง) เจ้าอาวาสวัดใหม่อมตรส ได้ประกอบพิธีเปิดกรุเจดีย์องค์ใหญ่ เพื่อนำ พระสมเด็จ ที่ สมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) ปลุกเสก ออกมาให้ประชาชนเช่าบูชา เนื่องจากที่ผ่านมาได้มีคนร้ายไปแอบขุดเจาะเจดีย์ใหญ่องค์นี้เพื่อขโมยพระ สมเด็จอยู่เป็นประจำ จากการที่ได้นำ พระสมเด็จ ให้ประชาชนเช่าบูชา ทำให้ทางวัดมีรายได้ขึ้นมาจำนวนหนึ่งจึงได้นำมาบูรณะปฏิสังขรณ์บริเวณวัด เมื่อปี พ.ศ.๒๕๐๘ โดยได้ว่าจ้างให้ช่างรับเหมา มาปรับปรุงบริเวณรอบองค์เจดีย์ใหญ่ซึ่งมี เจดีย์เล็ก เรียงรายรอบทั้ง ๔ ทิศของเจดีย์องค์ใหญ่ ทิศละ ๒ องค์ ตั้งซ้อนกันอยู่อย่างเป็นระเบียบรวมทั้งหมด ๘ องค์ ซึ่งทางช่างได้รื้อ เจดีย์เล็ก ทั้งหมดออก ทำให้ช่างรับเหมาพบ กรุพระเครื่องจำนวนหนึ่งในเจดีย์เล็กรวมอยู่กับอัฐิ จึงได้เก็บพระเครื่องซ่อนไว้ไม่ให้ทางวัดทราบ คงมอบแต่อัฐิให้เท่านั้น ต่อมาช่างรับเหมาได้นำพระที่พบนี้ไปขายแก่เซียนพระคนหนึ่งในสนามพระ ทำให้ พระเครื่องกรุเจดีย์เล็ก เป็นที่รู้จักในวงการพระสมัยนั้น พระที่พบมีเนื้อหาคล้ายกับพระสมเด็จฯ ที่อยู่ในองค์พระเจดีย์ประธานมากแต่มีพิมพ์ที่แตกต่างกัน เรื่องของอายุความเก่านั้นก็ไล่เลี่ยกันมาก สันนิษฐานว่าน่าจะสร้างห่างกันไม่นาน ในการตรวจสอบประวัติซึ่งเชื่อว่าผู้สร้าง พระกรุเจดีย์เล็ก ก็คือ "เสมียนตราด้วง" ต้นสกุล "ธนโกเศศ" ผู้สร้างพระเครื่องชุดนี้ไว้เพื่อสืบทอดอายุพระพุทธศาสนา เสมียนตราด้วงจึงได้นำพระเครื่องในส่วนนี้ไปบรรจุไว้คู่กับอัฐิของบรรพชนใน ตระกูล และเมื่อช่างรื้อเจดีย์เล็กออกจึงพบอัฐิและพระเครื่องดังกล่าว พระเครื่องกรุเจดีย์องค์เล็ก มีทั้งหมด ๖ พิมพ์ คือ พิมพ์ฐานคู่ พิมพ์ฐานหมอน พิมพ์สามเหลี่ยม พิมพ์ไสยาสน์ พิมพ์ยืนประทานพร พิมพ์จันทร์ลอย พระทุกองค์มีคราบกรุเกาะอยู่ด้วย มากบ้างน้อยบ้าง ซึ่งเป็นเอกลักษณ์อย่างหนึ่งของพระกรุนี้ เรื่องประวัติการสร้างของพระสมเด็จกรุเจดีย์เล็กนี้ยังไม่ชัดเจนว่า สร้างทันเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒา จารย์โตหรือไม่ เนื่องจากหลังจากสร้างพระเจดีย์องค์ประธานเสร็จ เจ้าประคุณสมเด็จฯ ท่านก็เริ่มอาพาธ และสิ้นในปี พ.ศ. 2415 แต่อย่างไรก็ตาม เมื่อดูจากศิลปะแม่พิมพ์มีศิลปะที่คล้ายคลึงกันมาก จึงเป็นไปได้ว่าเป็นฝีมือแกะแม่พิมพ์จากช่างกลุ่มเดียวกัน และเนื้อหาก็คล้ายคลึงกัน ดังนั้น จึงน่าเชื่อได้ว่า เนื้อหาของพระกรุเจดีย์เล็ก ถ้าแม้ว่าการสร้างอาจจะสร้างหลังจากที่เจ้าประคุณสมเด็จฯ สิ้นแล้วก็ตาม แต่น่าจะมีส่วนผสมของผงวิเศษ ที่เจ้าประคุณสมเด็จฯ ได้ทำไว้ในคราวสร้างพระบรรจุในพระเจดีย์ใหญ่บ้างไม่มากก็น้อย